Die Gedenkstätte, die nur für Fußgänger zugänglich ist, setzt sich aus drei Ebenen zusammen: dem Plaza Level, dem Memorial Hall Level und dem Bedrock Level.
Auf dem Plaza Level, zu erreichen über zwei Zugänge, entsteht eine ausgedehnte Parkanlage mit Baumgruppen, Lichtungen, Gesträuch und Moosbeeten. Der grüne Stadtgarten, der Platz für 5000 Menschen bietet, ist symbolisch als Bekräftigung des Lebens zu verstehen.
Zwei große rechteckige Hohlräume erinnern an die Fundamente der zerstörten Zwillingstürme und deren Verlust. Von dort kann der Besucher die beiden tiefer gelegten Bassins betrachten. Diese fangen die fallenden Wasserkaskaden auf. Über zwei abschüssige, 200 Meter lange Rampen gelangt man weiter vom Stadtgarten in die Memorial Hall.
Die Memorial Hall führt die Besucher weg vom lebendigen Alltag, der sich im Park abspielen wird. Es wird besinnlicher und ruhiger unter der Oberfläche auf insgesamt 10.000 Quadratmetern. Der Mittelpunkt dieser Ebene sind die zwei mit Wasser gefüllten Bassins, die durch zahlreiche Grotten, Gänge und Tunnel verbunden werden.
Um die äußeren, hüfthohen Wände der Pools, welche die originalen "Fußabdrücke" der Twin Towers abgrenzen, sind die rund 3000 Namen der Opfer in zwei Galerien aus Stein eingraviert. Ein Namensverzeichnis hilft den Angehörigen bei der Orientierung. Nur ein Vorhang aus Wasser – Symbol für das Leben – trennt die Besucher vom Becken. In dessen Mitte befindet sich eine ausgeschnittene Lücke, in die das Wasser abfließt.
Eigens vorgesehene Rückzugsräume dienen zur Reflexion und Rast. Auf dem Memorial Level werden zudem in Galerien Gegenstände ausgestellt, die aus dem Schutt des World Trade Centers noch geborgen werden konnten – darauf legten insbesondere die Familien der Hinterbliebenen großen Wert.
Vom Memorial Center aus, gelangt man – mittlerweile 23 Meter unter der Oberfläche – zum Bedrock, dem Urgestein, wo einst das Fundament der Zwillingstürme lag. Dieser Weg führt an der Flutmauer (Slurry Wall) der Twin Towers vorbei, den letzten verbliebenen Überresten des Wolkenkratzers. Sie wird von Tageslicht beleuchtet und kann von den Besuchern berührt werden. Gouverneur George E. Pataki sieht die düsteren Grubenwände als "Symbol für die Stärke und Standfestigkeit New Yorks, als Menschen versucht haben, unseren Glauben an die Freiheit zu zerstören."
In einem Mausoleum werden zudem nicht identifizierte sterblichen Überreste aufgebart. Speziell für Familienangehörige sind hier auch Rückzugsräume zur Andacht und Trauer eingerichtet worden. Bei der Rückkehr zur Oberfläche kann der Besucher wieder den Park erleben – ein Symbol für die Rückkehr zum täglichen Leben.
Kevin M. Rampe, Präsident der LMDC, zeigt sich von der architektonischen Idee beeindruckt: "Das Design-Team sollte für seine Verdienste besonders hervorgehoben werden. Zusammen mit der LMDC haben sie eine unglaubliche Erfahrung geschaffen, die auch bei kommenden Generationen einen bleibenden Eindruck hinterlassen wird."
Architekt Michael Arad selbst erklärte: "Wir haben uns die grundlegenden Konzepte, auf denen der Entwurf basiert, zu eigen gemacht, haben uns zusammengesetzt und vielen Menschen zugehört, für die der Erfolg der Gedenkstätte von höchster Bedeutung ist. Wir haben das Design weiter verfeinert und seine Absicht bekräftigt. Die Gedenkstätte wird jeden ehren und gibt uns einen Ort, an dem wir uns versammeln, reflektieren und Trost finden können angesichts des Verlustes, den wir erlitten haben."
Landschaftsplaner Peter Walker fügte hinzu, dass man mit dem Plaza Level eine "unvergessliche, spirituelle Grünfläche abseits der Hektik der Stadt und in unmittelbarer Nähe der beiden Denkmal-Bassins" geschaffen habe.
